不同类型的流感病毒具有不同的表面抗原，科学家发现，不同流感病毒的表面抗原差异很大，但是表面抗原中含有一种重要的表面蛋白质“神经胺酸酶(Neuraminidase)”，这种神经胺酸酶的活性中心(蛋白质的三级结构)在不同流感病毒中却是相同的。当病毒利用宿主细胞完成複制以后，神经胺酸酶会协助病毒从宿主细胞释放出来，同时帮助病毒穿透呼吸道的黏膜细胞，来感染其他健康的细胞，当神经胺酸酶遭到抑制，病毒的複制及感染能力就会受到限制。

克流感的主要成份是“Oseltamivir”，它是一种神经胺酸酶的抑制剂，也就是克流感的立体结构与神经胺酸酶的活性中心相同，所以会互相结合，造成神经胺酸酶失去活性，使受感染的宿主细胞所制造出来的新病毒无法释放出来，因此可以阻止流感病毒的複制与扩散，由于神经胺酸酶的活性中心在不同流感病毒中是相同的，所以克流感对A型及B型流感病毒都有效果，可以使病患提早三天恢复正常体能，同时使病状减轻大约40%以上。

 

不过由于流感病毒的种类很多，而且病毒是活的又会变种，2008年欧洲与美国陆续出现对克流感具有抗药性的A型H1N1流感病毒，而且抗药比例逐渐增加，造成克流感的效果变差。